Здравствуйте. Я полагаю, Вам надо обратиться непосредственно в бухгалтерию, чтобы они устранили нарушение ( прописали код и вернули денежные средства на счёт). Это ошибка бухгалтерии в первую очередь. И это нарушение влечёт за собой административное правонарушения, т.к. командировочные средства не подлежат списанию в счёт ИП.
Я почему так ответила, поскольку у мужа была аналогичная проблема с командировочными ( только вычли в счет алиментов). В бухгалтерии всё исправили.